Com a adesão à Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares (Ebserh), que é uma empresa pública vinculada ao Ministério da Educação e criada com a finalidade de modernizar a gestão dos hospitais universitários federais, foi definido para o Hospital Universitário Polydoro Ernani de São Thiago (HU/UFSC) uma nova estrutura organizacional que está sendo implantada gradualmente. Na nova estrutura há um colegiado executivo composto por um superintendente e três gerentes.

Em setembro de 2016 a professora Maria de Lourdes Rovaris tomou posse como superintendente do Hospital Universitário. Até o momento as gerências do novo organograma que foram definidas são: a professora Francine Lima Gelbcke como Gerente de Atenção à Saúde, a professora Rosemeri Maurici da Silva como Gerente de Ensino e Pesquisa e Paulo Peixoto Portella como Gerente Administrativo.

Além disso, estão em andamento às seleções para as chefias de Divisão de Logística e Infraestrutura Hospitalar, Chefe da Divisão de Gestão de Pessoas, Chefe da Divisão de Gestão do Cuidado, Divisão de Apoio Diagnóstico e Terapêutico, para o Setor de Gestão do Ensino e para o Setor de Regulação e Avaliação em Saúde do Hospital Universitário. O processo de escolha de gerentes e chefias funciona através de seleção interna de acordo com a Resolução nº 008, da Diretoria Executiva da Ebserh, de 24 de setembro de 2012 e está sendo feita conforme a liberação de cargos pela própria Ebserh.

Segue abaixo a estrutura organizacional

Organograma Colegiado ExecutivoOrganograma da Gerência AdministrativaOrganograma da Gerência de Atenção à SaúdeOrganograma da Gerência de Ensino e Pesquisa