O Hospital Universitário Prof. Polydoro Ernani de São Thiago (HU/UFSC) foi fundado em 1980 e atende exclusivamente usuários do sistema único de saúde, o SUS. É um hospital de referência no estado, além de ser o único hospital federal do Estado de Santa Catarina.
O HU/UFSC conta com um Corpo Clínico Multidisciplinar qualificado, para assegurar um excelente atendimento a todos nas diversas especialidades da medicina, tanto em nível ambulatorial quanto hospitalar. Entre elas estão: Acupuntura, Cabeça e Pescoço, Cardiologia, Cirurgia Plástica, Cirurgia Geral, Endocrinologia, Proctologia, Dermatologia, Gastroenterologia, Hematologia, Nefrologia, Hemoterapia, Ginecologia, Obstetrícia, Mastologia, Neurologia, Oftalmologia, Oncologia, Ortopedia e Traumatologia, Otorrinolaringologia, Pediatria, Pneumologia, Reumatologia, Urologia, Vídeo-Cirurgias, Cirurgia Vascular e Cirurgia Torácica. Também dispõe de Serviço de Odontologia Hospitalar, incluindo cirurgia Buco Maxilo Facial.
O Hospital Universitário conta ainda com atendimento emergencial nas áreas pediátrica, ginecológica-obstétrica e adulto, um ambulatório de especialidades, uma maternidade e serviços de média e alta complexidade. O serviço de emergência busca responder à Política Nacional de Humanização das Urgências e Emergências, iniciando no ano de 2007 o acolhimento com avaliação e classificação de risco, buscando dar agilidade ao atendimento das urgências e procurando uma maior integração com a rede básica de saúde.
O HU conta com um total de 106 vagas de residência médica, nas especialidades de acupuntura, anestesiologia, clínica médica, cirurgia do aparelho digestivo, cirurgia geral, cirurgia vasc. periférica, cirurgia plástica, dermatologia, endocrinologia, gastroenterologia, ginecologia e obstetrícia, hepatologia, medicina intensiva, medicina paliativa, neurologia, neurofisiologia clínica, patologia, pediatria, pneumologia, radiologia e diagnóstico por imagem e reumatologia. Seus programas de residência encontram-se consolidados e contribuem para o papel de formação do HU.
No ano de 2010, o Hospital Universitário Prof. Polydoro Ernani de São Thiago deu início a Residência Integrada Multiprofissional em Saúde, iniciando com duas áreas de concentração: Atenção às Urgências e Emergências e Atenção em Alta Complexidade, integrando alunos das mais diversas especialidades. Em 2014, a Residência Integrada foi ampliada para mais uma área de atuação: Saúde da Mulher e da Criança.
Além disso, o hospital participa dos programas de Telessaúde e Telemedicina. O Programa de telemedicina foi desenvolvido em 2005 na própria Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) em parceria com o Governo do Estado de Santa Catarina. No ano de 2010 os projetos Telessaúde e Sistema Catarinense de Telemedicina se integraram, formando o Sistema Catarinense de Telemedicina e Telessaúde. Essa união se dá com o objetivo de ampliar os serviços de saúde e de educação na saúde à distância para todo o estado de Santa Catarina.
Em março de 2016 a Universidade Federal de Santa Catarina assinou contrato com a Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares (Ebserh). A partir da assinatura deste contrato o HU/UFSC passou a ser administrado em uma ação em conjunta entre a universidade e a Ebserh. O principal objetivo da entrada da empresa é a recuperação da infraestrutura física e tecnológica, assim como a recomposição do quadro de profissionais.
A Ebserh é uma empresa pública vinculada ao Ministério da Educação criada em 2011 com a finalidade de modernizar a gestão da estrutura administrativa, que passou a contar em seu organograma com a Superintendência e três gerências: de ensino e pesquisa, atenção à saúde e administrativa, que compõe o colegiado executivo.