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O Serviço de Emergência Clínica do Hospital Universitário Prof. Polydoro Ernani de São Thiago (HU/UFSC) foi criado em 1980, junto à fundação dos primeiros serviços do Hospital. Hoje é um centro de referência para Urgências e Emergências aberto 24hrs que atende em torno de 2.700 casos e cerca de 200 internações por mês, com exclusividade ao Sistema Único de Saúde (SUS). A prioridade de atendimento é de pacientes em estado grave trazidos pelo SAMU e Bombeiros e casos referenciados de UPAs e UBSs, além de receber pacientes de outros hospitais e municípios que necessitam de avaliação e serviços de maior complexidade. O departamento de Emergência possui vínculo com o Centro de Informações Toxicológicas de Santa Catarina (CIT-SC), sendo referência estadual para casos de acidente com animais peçonhentos e intoxicações.  O atendimento aberto à população também se dá através de acolhimento com avaliação e classificação de risco, seguindo a Política Nacional de Humanização das Urgências e Emergências, buscando dar agilidade ao atendimento das urgências e procurando uma maior integração com a rede básica de saúde.
Contamos atualmente com um corpo clínico de 20 profissionais médicos altamente qualificados que realizam diagnóstico e terapêutica por meio de exame clínico, exames de laboratório e de imagem (Tomografia computadorizada, Ultrassonografia convencional e Ultrassonografia com aparelhos portáteis à beira do leito). A equipe de Emergencistas também presta orientações e preceptoria aos residentes de Clínica Médica, internos e estudantes de medicina, fazendo da Emergência Clínica um ambiente acadêmico de referência de ensino e qualificação profissional.
A nossa estrutura física é usada em conjunto com a Clínica Cirúrgica e é composta de 06 consultórios, Sala de Reanimação, Sala de Medicação, Sala de Procedimento, Sala Cirúrgica, 08 macas para pacientes em Observação e 13 leitos, sendo 01 leito em Unidade de Isolamento. A Emergência conta com uma eficiente equipe de enfermagem composta de 18 Enfermeiros e 49 Técnicos de Enfermagem, além de 03 Farmacêuticos, 01 Nutricionista, 01 Assistente Social e residentes das diversas áreas da Residência Integrada Multiprofissional em Saúde.
Os profissionais trabalham em um ambiente de alta rotatividade de pessoas e constante pressão, enfrentando desafios diários para superar as dificuldades causadas pela demanda crescente de pacientes imposta pela conjuntura atual da saúde pública. Condições de superlotação, déficits de profissionais e problemas de infraestrutura física e tecnológica são enfrentados pela equipe multidisciplinar que se esforça para assegurar o melhor serviço à população, mantendo o atendimento humanizado, a qualidade técnica e a resolutividade.